ХШУИС-ийн бүтэц Тус сургууль нь Захирал Захиргааны Зөвлөл Хөтөлбөрийн хороо Тэнхмүүд Хэрэглээний математикийн тэнхим Мэдээлэл, компьютерийн ухааны тэнхим Электроник, холбооны инженерчлэлийн тэнхим Хүрээлэн буй орчин, ойн инженерчлэлийн тэнхим Хими, биологийн инженерчлэлийн тэнхим Сургалтын алба гэсэн бүтэцтэйгээр ажиллаж байна.